货运部是山东航空股份有限公司直属一线部门，是主管山航航空货物、邮件运输的职能业务部门，集管理、销售、保障于一体。经营山东航空股份有限公司的国内、国际货物运输，办理济南、青岛、烟台至全国各大城市及新加坡、汉城的货物收运，以及全国各大城市、新加坡、汉城至济南、青岛、烟台的国内、国际到达货物交付业务。
山航货运部下设业务处、市场管理处、国际货运处、吨控中心4个行政处室，济南、青岛、烟台、北京、上海、广州、深圳、成都、昆明、厦门10个国内货运处，新加坡、汉城、东北地区、西北地区、杭州地区、温州地区、重庆地区、桂林地区8个办事处。作为公司的一个重要窗口部门，货运部以争创一流货运服务为奋斗目标，正在逐步建立标准化、程序化、制度化的规范化基础综合管理体系，确保货运生产的安全有序。